Na čele Magistrátu je riaditeľ, ktorého na dobu neurčitú vymenúva a odvoláva primátor.
Riaditeľ Magistrátu najmä:
riadi magistrát, organizuje jeho prácu a zodpovedá za jeho činnosť,
plní v rozsahu poverenia primátora úlohy v oblasti pracovnoprávnych vzťahov zamestnancov hlavného mesta,
zúčastňuje sa zasadnutí mestskej rady a mestského zastupiteľstva s hlasom poradným,
podpisuje spolu s primátorom zápisnice zo zasadnutia mestskej rady a mestského zastupiteľstva,
plní ďalšie úlohy podľa rozhodnutia mestského zastupiteľstva a primátora.